Der Verlag Matthes & Seitz Berlin wurde im Januar des Jahres 2004 von Andreas Rötzer, Axel Matthes und Ursula Haeusgen gegründet. Er ist die Fortsetzung einer verlegerischen Tradition, die 1977 mit der Gründung des Verlags Matthes & Seitz in München durch Axel Matthes und Claus Seitz begann. Die Editionen von Antonin Artaud, Georges Bataille, Michel Leiris oder D.A.F. de Sade bildeten von Anfang an das geistige Fundament. Nach dem Ausscheiden von Claus Seitz im Jahr 1983 führte Axel Matthes den Verlag alleine. In den folgenden 25 Jahren entstand ein einzigartiges Programm, dessen Schwerpunkt die Reihe Batterien bildete, in denen neben den Werken von Antonin Artaud und Georges Bataille auch wichtige Titel von Roland Barthes, Jean Baudrillard, Leo Schwestow, Cristina Campo u.v.a. Autoren erschienen. Hinzu kommen Bücher von Marina Zwetajewa, John Keats, Fleur Jaeggy, Theodor Lessing, Rahel Varnhagen von Ense, Amiel oder der unfreiwillig komischen Friederike Kempner. Sie prägten das Programm ebenso wie Werke von Jean Giono, Gabriele D’Annunzio, Oswald Wiener und Botho Strauss. Individualität, Freiheit, Revolte waren stets die Grundsäulen des Verlags.
Seit 2004 führt der Verleger Andreas Rötzer den Verlag mit derzeit vier Mitarbeitern und setzt die Reihe Batterien mit Titeln von Antonin Artaud, Georges Bataille, André Masson, Nicolás Gómez Dávila, Béla Hamvas, Herbert Müller-Guttenbrunn, Léon Bloy, Maurice Blanchot u.a.m. fort. Neben einem umfangreichen Sachbuchprogramm entstehen mehrbändige Ausgaben von Autoren wie Warlam Schalamow, Jules Barbey d’Aurevilly, Gerhard Rühm, Jean-Henri Fabre, Blaise Pascal. In der Reihe Fröhliche Wissenschaft erscheinen kürzere Essays zu verschiedensten Themen von klassischen und neuen Autoren. Neben der Herausgabe prägender Autoren der Moderne, wie Raymond Federman, Michel Butor oder Maurice Blanchot ist die Gegenwartsliteratur – insbesondere die deutsche und die französische – eine wichtige Säule der Verlagsarbeit.